Cílem ÚDU je základní výzkum ve vědních oborech: dějiny výtvarného umění, teorie umění a estetika, teorie a historie architektury a památková péče.
Spolupracuje s řadou univerzitních, galerijních a muzejních institucí v České republice i zahraničí. Pracovníci ústavu se často podílí na přípravě různých výstav a zpracování výstavních katalogů. Ústav pořádá mezinárodní konference, specializovaná sympozia a pracovní setkání. Zaměstnanci ústavu se také účastní práce v komisích či vědeckých radách téměř všech oborových institucí, mimo jiné ústavů památkové péče a vyučují na vysokých školách, aktivně se účastní odborných akcí i popularizace výsledků vědecké práce.
Ústav spravuje oborovou knihovnu otevřenou odborné veřejnosti, fototéku a oddělení dokumentačních a sbírkových fondů s archivními materiály uměleckohistorické povahy. Ústav vydává ústřední uměleckohistorický časopis v českých zemích Umění a mezioborový časopis Estetika a od r. 1971 zpracovává Českou uměleckohistorickou bibliografii. V r. 1994 bylo v ústavu založeno vlastní vydavatelství Artefactum.